EpiTYPER によるDNA メチル化解析

DNA メチル化解析の簡易化

EpiTYPER ワークフローは、余計な実験時間と不安定要素を伴いがちな手作業によるデザインとアッセイの最適化にかかる手間を最小限にします。  EpiTYPER は、マイクロアレイ解析後、およびシーケンシングによるバリデーション、もしくは遺伝子プロモーターの解析に理想的なソリューションとなっており、次のような特徴があります：

正確で再現性の高いDNA メチル化マッピング

• 標的領域配列内の各 CpG ごとにメチル化 DNA 比を提供
• 相対メチル化に関して標準偏差 5%、10 ～ 90% の範囲で評価が可能

フレキシブルな DNA メチル化実験設計

• 複合的なサンプルを対象とする少数あるいは数百もの領域の検討に幅広く対応可能
• 1 回の反応で 600 bp までの読み取りが可能であるため、広範なプロモーター領域内のメチル化差異の検出が可能
• ホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE) を含む、さまざまなサンプルタイプのロバストな解析

EpiTYPER™ の概要

EpiTYPER アッセイでは、DNA をバイサルファイト変換し、続いて PCR を行います。 次に、逆鎖の in vitro RNA 転写を行い、続いて塩基特異的切断を行います。 切断産物により、MassARRAY システムで自動的に定量的分析された、メチル化テンプレートおよび非メチル化テンプレート DNA を示す異なるシグナルパターン対が得られます。 切断結果のパターンは、オリジナルのゲノム DNA 内のメチル化シトシンの存在によって異なります。

EpiBrowser

EpiBrowser は、関心のある遺伝子やサンプルを素早く表示させることが可能な使いやすいツールです。 EpiBrowser データベースにより、下記を表示できます：

• 癌関連のパネル全体の CpG 部位のメチル化状態

• 関心領域を増幅するためのバリデーション済みのプライマー配列

便利なバリデーション済み EpiPanel

• Standard EpiPanel：このパネルには、頻繁に研究される 41 の遺伝子が含まれています。 当パネルは、メチル化解析を簡素化および標準化する「既製の」バリデーション済みアッセイを使用することで、迅速性および簡便性を提供いたします。 Standard EpiPanel のダウンロードはこちら

• Cancer EpiPanel：このパネルは、400 の遺伝子を含み、悪性形質転換およびインプリンティングに関与することが知られている遺伝子のプロモーター領域における、12,000 以上のCpG 部位をカバーします。 Cancer EpiPanel は、59 以上のセルライン (NCI60) における400 以上の癌関連の遺伝子および 9 の異なる組織タイプの正常組織の定量的DNA メチル化プロファイルの作成に使用できます。(Ehrich et al. PNAS 2008). Cancer EpiPanel の閲覧はこちら

• Imprinting EpiPanel：このパネルには、父性または母性由来のメチル化パターンから得られる最も一般的に研究される遺伝子用 (Jirtle and Weidman, 2007) の 31 バリデーション済みアッセイが含まれています。Imprinting EpiPanel のダウンロードはこちら

• Mouse Standard EpiPanel：このパネルには、182 の遺伝子用のバリデーション済みアッセイが含まれています。 当パネルは、メチル化解析を簡素化および標準化する「既製の」バリデーション済みアッセイを使用することで、迅速性および簡便性を提供いたします。 Mouse Standard EpiPanel のダウンロードはこちら

EpiDesigner ソフトウェアによるカスタム DNA メチル化アッセイ 

お探しの遺伝子が EpiPanel に含まれていない場合には、EpiDesigner ソフトウェアをご利用いただくことで、あらゆるゲノム領域用のアッセイを容易にデザインすることができます。 EpiDesigner は無料でご利用いただけるプライマーデザインツールです。ご関心のあるバイサルファイト変換されたゲノム領域の増幅用に最適なプライマーデザインを、円滑に処理することができます。 お客様のメチル化研究に役立つ EpiDesigner のご利用については、 www.epidesigner.com をご覧ください。