MassARRAY と iSEQ

iSEQ™ 生化学の概要
 

iSEQ アプリケーションは、1 塩基に至るまでの優れた検出力とともに、微生物やウイルス、その他の単相有機体を同定する手段として参照配列を使用します。 正確な同定を可能にするために、MassCLEAVE™ ケミストリーに基づいて最適化されたプロトコルが開発されました。

iSEQ アッセイは PCR ベースで、標的領域の増幅を可能にします。 SAP 処理に続いて、サンプルは、標的領域における 500 – 800 bp PCR 産物の in vitro 転写と、塩基特異的な分解酵素による切断処理が行われます。 このプロセスは均一で、PCR 産物やその後の検体物の精製を必要としません。 ワークフローは自動化に対応しており、ハイスループットが可能です。 サンプルの調整後、切断された混合物は分解され、MassARRAY MALDI-TOF MS によってデータが取得されます。 下記の図でプロトコルの概要を説明しています。

優れた感度

• PCR と in vitro 転写の 2 つのレベルの増幅を実現

高いコスト効率

• 384 ウェルフォーマットでの小型化
• 必要な出発原料は少量 (2 - 5 ng DNA)

優れた精度

• アンプリコンあたり 4 のデータポイントを提供

iSEQ プロセスの特徴:

iSEQ™ ソフトウェアの概要

iSEQ™ ソフトウェアのご使用で、迅速で効率的なプレートデザイン、自動データ解析およびサンプル同定が可能になります。 Plate Editor （プレートエディター）により、お客様のサンプル、参照配列および反応についてのマイクロプレートフォーマットのカスタムデザインや保存を行うことができます。 後の検索用に、すべてのプレートフォーマットがデータ-ベースに自動的に保存されます。 プレートエディターのソフトウェアインターフェイスを図2 で示しています。

図 2 Plate Editor ソフトウェア インターフェース 拡大画像はこちらをクリック

解析中、サンプルの質量パターンは、個々のまたは一連の参照配列より得られるコンピュータ内での参照質量信号パターンと自動的に比較されます。 期待していた質量信号パターンと実際に観察されたパターンとの差異が判断され、有機体の同定および配列変異の検知を行うことができます。

同定結果は1時間以内に自動的に検索されます。 iSEQ ソフトウェアは、各標的領域に最適な参照配列の ID 結果のリスト、配列変化および新配列を含むレポートを作成します。 ID 結果および質量スペクトルのグラフィカルソフトウェアのインターフェースを図3 に示します。

図 3.データ解析ソフトウェアインターフェイス

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当社では、iSEQ software のほかにも、お客様が参照配列のピークパターンをシミュレーションし、最適な反応の実施回数を決定することができるようなシミュレーション・ソフトウェアを開発しております。 最新版のシミュレーションツールをダウンロ－ドするには、画面上部の「お問い合せ」タブをクリックしてご登録手続きを行ってください。