MassARRAY® QGEは、リアル競合 PCR と MALDI-TOF MS を組み合わせて使用し、さまざまな種類のサンプルの遺伝子発現レベルを精密に計測します。マイクロアレイ解析後のバリデーションやマルチプレックス アプリケーションに理想的なソリューションです。
- 複合的なサンプルを対象とする少数あるいは数百もの領域の検討に理想的
- リアルタイム PCR に比べて 10～1,000 倍以上の優れた感度
- 1 反応あたり最大 24 ターゲットのマルチプレックス
- 広いダイナミック レンジにおける高い精度
- データ正規化において正確な定量化を行うための最も包括的なソリューション
QGE のアプリケーション例
- マイクロアレイ解析後のバリデーション
- スプライス バリアント解析
- バイオマーカーのキャラクタリゼーション
- 疾患関連の研究
- ヘテロ接合性の消失(LOH)
- ウイルス負荷の定量化
- 感染耐性および薬物反応
QGE ケミストリー概要
ある独自の研究で実施された希釈実験を通して、QGE および RT-PCR 実験の結果には、感度を除いては、統計的に著しい違いは認められないことが実証されました。 発現量の差が10,000 倍までの12 つの異なるアッセイの比率が明確に比較されました。
結果
発現量の10,000 倍率差までの12 の異なるアッセイに対する比率を比較した際、感度を除いては、QGE および RT-PCR 実験間には統計的に顕著な違いは認められないことが報告されています。
- MassARRAY® QGE アッセイの100% が標準化された PCR 条件下で初回通過
- 42% のアッセイでRT-PCR 実験の初回通過に失敗
- ~QGE では、50-100 倍少ない全 RNA を使用
- QGE でより高い感度を達成
- QGE では、均一な標準条件を適用可能
Elvidge 他、Anal. Biochem., Vol. 339, 2005
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特徴 |
MassARRAY® QGE の利点 |
| マルチプレックス |
- 1 反応あたり最大 24 ターゲットのマルチプレックス
- より大規模なサンプル研究で、20-200 の遺伝子を検査
- 同一の生物学的サンプル内の遺伝子の絶対発現量を比較
- データの正規化用に最適なリファレンス遺伝子を迅速に評価
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| 感度および LOQ |
- 単一分子まで検出
- 5 pg でも処理が可能
- 10% の発現量の違いまで検出
- 広いダイナミックレンジで高精度 (~3% RSD) を達成
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| アッセイ デザイナー |
- 一般的な反応条件で実施可能
- PCR の最適化の必要性は最小限
- 最適なプレックスセットの迅速な設計
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データ正規化の価値および容易性
正規化の主な目的は異なるサンプル、実験および研究期間における発現量を定量的に比較することです。 以下の要因によるばらつきを考慮に入れることが重要となります：
- RNA の品質
- 細胞インプット/RNA 量
- 逆転写効率
- ピペット操作の誤り
- 内因性/生物学的差異
現行手法の課題
- 全 RNA の使用で、逆転写効率を明らかにすることができないこと
- リボソーム RNA が様々な生物学的状態により異なる可能性があり、ターゲット転写物よりもかなり多量に存在すること
- 単一の内部コントロール遺伝子を使用することで、生物学的プロセスの結果として起こる転写変化の影響を受ける可能性があること
ソリューション
MassARRAY® QGE & geNorm を使用したデータの正規化
- データ正規化に最も適した遺伝子を特定する際、1回の反応でリファレンス遺伝子パネルのマルチプレックスが可能
- 使いやすい Visual Basic アプリケーション
- 650 以上の事例で、geNorm 技術を使用したデータ正規化の重要性について引用されています
注：MassARRAY Analyzer 4 システム、OncoCarta、iPLEX Gold、iSEQ、QGE、EpiTYPER、TYPER ソフトウェア、iPLEX ADME PGx パネル、iPLEX ID パネル、Assay Explorer および MelaCarta は、研究用途のみを想定しており、診断用には使用できません。